Pimpinan Daerah Muhammadiyah (PDM) Kota Probolinggo memiliki Sekolah Dasar Muhammadiyah Plus yang termasuk baru, berdiri sejak tahun 2012. Berdirinya sekolah ini didasarkan pada Surat Keputusan yang dikeluarkan oleh Majelis Pendidikan Dasar dan Menengah (Dikdasmen) PDM Kota Probolinggo, dengan Nomor: 019/KEP/III.4/D/2012 tertanggal 12 Maret 2012. Surat keputusan ini menjadi dasar resmi bagi pendirian SD Muhammadiyah Plus di Kota Probolinggo sebagai bagian dari komitmen Muhammadiyah dalam meningkatkan kualitas pendidikan di daerah tersebut. SD Muhammadiyah Plus ini diharapkan menjadi alternatif pendidikan dasar yang mampu bersaing dengan sekolah lain di wilayahnya, sekaligus memberikan nilai-nilai Islam sebagai bagian dari kurikulumnya.

Pada awal pendiriannya, SD Muhammadiyah Plus menghadapi berbagai tantangan terutama dalam hal fasilitas dan sarana belajar. Sejak pendiriannya sampai tahun 2013, kegiatan belajar mengajar masih bergabung dengan Madrasah Ibtidaiyah (MI) Muhammadiyah I. Situasi ini berlangsung selama dua tahun pertama hingga pada tahun ketiga, SD Muhammadiyah Plus pindah ke Perguruan Muhammadiyah yang berlokasi di Jl. Mayjen Pandjaitan 73, Kota Probolinggo. Di lokasi baru ini, sekolah tersebut bergabung dengan SMK Muhammadiyah 1, membentuk lingkungan pendidikan Muhammadiyah yang lebih terintegrasi dan kondusif untuk para siswa serta tenaga pengajarnya.

Pada tahun 2015, SD Muhammadiyah Plus masih belum mengantongi izin operasional resmi dari Dinas Pendidikan Kota Probolinggo, yang tentu saja menjadi tantangan dalam penyelenggaraan pendidikan. Namun, setelah melalui berbagai proses administratif dan penyesuaian yang diperlukan, izin operasional akhirnya diperoleh pada bulan Januari 2015. Izin tersebut dikeluarkan dengan Nomor: 421.2/47/425.103/2015, yang menjadi tanda resmi pengakuan pemerintah atas keberadaan dan legitimasi operasional SD Muhammadiyah Plus. Dengan diperolehnya izin ini, SD Muhammadiyah Plus dapat lebih optimal dalam menjalankan misinya sebagai lembaga pendidikan Islam yang unggul.

Pada fase berikutnya, pembangunan gedung sekolah di lokasi baru menjadi prioritas agar para siswa dapat menikmati fasilitas yang memadai. Gedung baru SD Muhammadiyah Plus mulai dibangun di kawasan Mastrip dengan menggunakan dana awal sebesar Rp 35.000.000. Dana tersebut merupakan hasil dari kontribusi beberapa pihak, yaitu MI Muhammadiyah, SMP Muhammadiyah, SMK Muhammadiyah 1, serta donasi dari individu-individu yang peduli terhadap perkembangan pendidikan Muhammadiyah. Dukungan ini tidak hanya membuktikan komitmen warga Muhammadiyah dalam mendukung pendidikan, tetapi juga memperlihatkan pentingnya sinergi antarlembaga dalam memperkuat keberadaan SD Muhammadiyah Plus sebagai institusi pendidikan yang berkualitas dan berdaya saing.